Tháng 11 năm 2003, xã Mường Than cùng với các xã, thị trấn trong huyện Than Uyên chuyển từ tỉnh Lào Cai về tỉnh Lai Châu mới.[2]
Năm 2006, một phần diện tích và dân số, bao gồm 5.628,32 ha diện tích tự nhiên và 4.865 người của xã Mường Than được tách ra để thành lập xã Phúc Than.[1]
